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Pokhara situa-se numa antiga e importante rota comercial entre a China e a Índia. No século XVII, fazia parte do Reino de Kaski, que era um dos Chaubisi Rajya (24 reinos do Nepal) governado por um ramo da dinastia Shah. Muitas das colinas em redor de Pokhara ainda apresentam ruínas medievais desta época. Em 1786, Prithvi Narayan Shah incluiu Pokhara no seu reino. Nessa altura, tornou-se um importante local de comércio nas rotas de Katmandu para Jumla e da Índia para o Tibete.
Pokhara foi concebida como um centro comercial pelo rei de Kaski em meados do século XVIII d.C., quando os Newars de Bhaktapur migraram para Pokhara, a convite do rei, e se instalaram perto dos principais locais de comércio, como o templo de Bindhyabasini, Nalakomukh e Bhairab Tole. Na altura, a maior parte de Pokhara era habitada em grande parte por Khas (brâmanes, chetri, thakuri e dalits), gurus e magares. Atualmente, os Khas, os Gurung (Tamu) e os Magar constituem a comunidade dominante de Pokhara. Existe também uma população Newari considerável na cidade. Uma pequena comunidade muçulmana situa-se na periferia oriental de Pokhara, geralmente designada por Miya Patan. Batulechaur, no extremo norte de Pokhara, é o lar dos Gandharvas ou Gaaineys (a tribo dos músicos).
Pokhara situa-se no canto noroeste do vale de Pokhara, que é um alargamento do vale de Seti Gandaki que se situa na região (Pahad) dos Himalaias. Nesta região, as montanhas elevam-se muito rapidamente e, num raio de 30 quilómetros, a altitude sobe de 1.000 para 7.500 metros. Como resultado desta subida acentuada da altitude, a área de Pokhara tem uma das taxas de precipitação mais elevadas do país (3350 mm/ano ou 131 polegadas/ano no vale e 5600 mm/ano ou 222 polegadas/ano em Lumle). Mesmo dentro da cidade, há uma diferença notável de precipitação entre o sul e o norte: A parte norte, no sopé das montanhas, regista uma precipitação proporcionalmente mais elevada.