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Pokhara se trouve sur une ancienne route commerciale importante entre la Chine et l'Inde. Au XVIIe siècle, elle faisait partie du royaume de Kaski, l'un des Chaubisi Rajya (24 royaumes du Népal) dirigé par une branche de la dynastie Shah. De nombreuses collines autour de Pokhara conservent des ruines médiévales de cette époque. En 1786, Prithvi Narayan Shah ajouta Pokhara à son royaume. La ville était alors devenue une importante place commerciale sur les routes menant de Katmandou à Jumla et de l'Inde au Tibet.
Pokhara a été conçue comme un centre commercial par le roi de Kaski au milieu du XVIIIe siècle, lorsque des Newars de Bhaktapur ont migré à Pokhara, à l'invitation du roi, et se sont installés près des principaux lieux d'affaires tels que le temple de Bindhyabasini, Nalakomukh et Bhairab Tole. La majeure partie de Pokhara était alors habitée par des Khas (Brahmanes, Chhetri, Thakuri et Dalits), des gourous et des Magars. Aujourd'hui, les Khas, les Gurung (Tamu) et les Magars forment la communauté dominante de Pokhara. La ville compte également une importante population newari. Une petite communauté musulmane se trouve à la périphérie orientale de Pokhara, généralement appelée Miya Patan. Batulechaur, à l'extrême nord de Pokhara, abrite les Gandharvas ou Gaaineys (la tribu des musiciens).
Pokhara se trouve dans le coin nord-ouest de la vallée de Pokhara, qui est un élargissement de la vallée de Seti Gandaki qui se trouve dans la région (Pahad) de l'Himalaya. Dans cette région, les montagnes s'élèvent très rapidement et, en l'espace de 30 kilomètres, l'altitude passe de 1 000 à 7 500 mètres (3 300 à 24 600 pieds). En raison de cette forte élévation, la région de Pokhara connaît l'un des taux de précipitations les plus élevés du pays (de 3350 mm/an dans la vallée à 5600 mm/an à Lumle). Même à l'intérieur de la ville, il existe une différence notable de précipitations entre le sud et le nord : La partie nord, au pied des montagnes, connaît des précipitations proportionnellement plus importantes.