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Pokhara se encuentra en una antigua e importante ruta comercial entre China e India. En el siglo XVII, formaba parte del reino de Kaski, uno de los Chaubisi Rajya (24 reinos de Nepal) gobernado por una rama de la dinastía Shah. Muchas de las colinas que rodean Pokhara conservan ruinas medievales de esta época. En 1786, Prithvi Narayan Shah incorporó Pokhara a su reino. Para entonces se había convertido en un importante lugar de comercio en las rutas de Katmandú a Jumla y de la India al Tíbet.
Pokhara fue concebida como centro comercial por el rey de Kaski a mediados del siglo XVIII d.C., cuando los newars de Bhaktapur emigraron a Pokhara, invitados por el rey, y se asentaron cerca de los principales lugares de negocios, como el templo de Bindhyabasini, Nalakomukh y Bhairab Tole. En aquella época, la mayor parte de Pokhara estaba habitada por khas (brahmanes, chhetri, thakuri y dalits), gurus y magars. En la actualidad, los khas, los gurung (tamu) y los magar forman la comunidad dominante de Pokhara. También hay una considerable población newari en la ciudad. En la periferia oriental de Pokhara hay una pequeña comunidad musulmana, generalmente llamada Miya Patan. Batulechaur, en el extremo norte de Pokhara, es el hogar de los Gandharvas o Gaaineys (la tribu de los músicos).
Pokhara está en el extremo noroccidental del valle de Pokhara, que es un ensanchamiento del valle de Seti Gandaki, en la región (Pahad) del Himalaya. En esta región, las montañas se elevan muy rápidamente, y en 30 kilómetros (19 millas), la elevación pasa de 1.000 a 7.500 metros (3.300 a 24.600 pies). Como consecuencia de este fuerte aumento de altitud, la zona de Pokhara tiene uno de los índices de precipitaciones más altos del país (de 3.350 mm/año o 131 pulgadas/año en el valle a 5.600 mm/año o 222 pulgadas/año en Lumle). Incluso dentro de la ciudad, hay una notable diferencia de precipitaciones entre el sur y el norte: La parte norte, en las estribaciones de las montañas, experimenta una cantidad proporcionalmente mayor de precipitaciones.