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Pokhara liegt an einer wichtigen alten Handelsroute zwischen China und Indien. Im 17. Jahrhundert war es Teil des Königreichs Kaski, das zu den Chaubisi Rajya (24 Königreiche Nepals) gehörte und von einem Zweig der Shah-Dynastie regiert wurde. Auf vielen Hügeln um Pokhara sind noch mittelalterliche Ruinen aus dieser Zeit zu sehen. Im Jahr 1786 gliederte Prithvi Narayan Shah Pokhara in sein Königreich ein. Pokhara war zu diesem Zeitpunkt zu einem wichtigen Handelsplatz auf den Routen von Kathmandu nach Jumla und von Indien nach Tibet geworden.
Pokhara wurde Mitte des 18. Jahrhunderts n. Chr. vom König von Kaski als Handelszentrum geplant, als Newars aus Bhaktapur auf Einladung des Königs nach Pokhara zogen und sich in der Nähe der wichtigsten Geschäftsorte wie dem Bindhyabasini-Tempel, Nalakomukh und Bhairab Tole niederließen. Der größte Teil von Pokhara wurde damals von Khas (Brahmanen, Chhetri, Thakuri und Dalits), Gurus und Magars bewohnt. Gegenwärtig bilden die Khas, Gurung (Tamu) und Magar die dominierende Gemeinschaft in Pokhara. Außerdem gibt es in der Stadt eine beträchtliche Newari-Bevölkerung. Eine kleine muslimische Gemeinde befindet sich am östlichen Rand von Pokhara, die allgemein Miya Patan genannt wird. Batulechaur im äußersten Norden von Pokhara ist die Heimat der Gandharvas oder Gaaineys (der Stamm der Musiker).
Pokhara liegt in der nordwestlichen Ecke des Pokhara-Tals, einer Erweiterung des Seti-Gandaki-Tals, das in der Region (Pahad) des Himalaya liegt. In dieser Region steigen die Berge sehr schnell an, und innerhalb von 30 Kilometern steigt die Höhe von 1.000 auf 7.500 Meter an. Infolge dieses starken Höhenanstiegs hat das Gebiet von Pokhara eine der höchsten Niederschlagsraten des Landes (3350 mm/Jahr im Tal bis 5600 mm/Jahr in Lumle). Selbst innerhalb der Stadt gibt es einen deutlichen Unterschied zwischen den Niederschlägen im Süden und im Norden: Im nördlichen Teil an den Ausläufern der Berge fallen verhältnismäßig höhere Niederschlagsmengen.